教育部長吳茂昆今甫上任，就挨告貪污罪。吳的前同事、東華大學教授王純娟指控，吳在擔任東華大學校長時，違法兼任專任教師，並假藉校長職權，於任內連續三年詐領該校「講座獎助金」及「特殊優秀人才彈性薪資」款項，總計804萬元，涉犯「貪污治罪條例」，今至台北地檢署提起告發。
王純娟表示，吳茂昆於2012年1月19日就任東華大學校長，依公務員服務法「不得兼任他項公職或業務」，另，行政院限制所屬公務員借調及兼職要點亦有「各機關公務人員不得兼任公私立學校專任職員」之規定，吳依法不得兼任東華大學「專任教師」身份，更不得支領任何專任教師薪給。
王純娟指出，吳茂昆唯利是圖，竟違反前述法令規定，於2011年12月28日經東華大學聘為講座教授與物理系專任教授，聘期自校長就任後的2012年1月23日起，為期三年，即吳就任校長在先，講座教授在後，並非行政院發言人所謂「就任校長前」即取得講座教授獎助金。
王純娟說，吳茂昆就任校長後假藉職權，利用擔任學術獎助評審委員會主席及任命其他審議委員之機會，主動提案申請再獲核發「特殊優秀人才彈性薪資」每月達20萬元，連同「講座獎助金」，共違法額外支領每月25萬元，所有薪資合計每月為39萬元。
王純娟質疑，「一個有60％工作日請假在外的校長要領年薪近500萬元？」且吳茂昆兼任行為及兼任所得均未經主管機關教育部核准，在監察院調查後，吳被教育部追回金額較少的「講座」部分兼任薪資176萬餘元。
王純娟強調，吳茂昆支領「講座獎助金」及「特殊優秀人才彈性薪資」屬非法詐領，涉犯貪污治罪條例罪，雖然監察院的行政調查令吳繳回176萬餘元，吳亦自稱誤會，但她認為吳應繳回的是非法詐領的804萬元。