疫情期間，海巡署偵防分署嘉義查緝隊獲報有私梟集團走私私菸，案經雲林地檢署指揮偵辦，6月6日各單位在台南市安平外海登檢某蒙古籍散裝貨輪，在該船船艙發現大量菸品；因疫情影響，船員先進行隔離，貨輪停泊海巡署高雄海巡隊碼頭，經14日隔離期滿，6月22日至高雄港第十號碼頭實施查艙，經數百人接力搬運，起獲的巨額走私菸品數量高達9946箱，共計497萬3409包，全案依違反菸酒管理法將本國籍羅姓船長及4名印尼籍船員移送雲林地方檢察署與函送高雄市政府裁罰。
嘉義查緝隊指出，有私梟集團看準連假期間菸品需求上升，趁彩雲颱風來襲及防疫三級警戒時，試圖從海外走私大量私菸，趁機獲取暴利；此案報請雲林地方檢察署檢察官段可芳指揮偵辦，與雲林查緝隊、艦隊分署高雄海巡隊、南部分署第五岸巡隊共同偵辦，當天海巡署人員會同警方、移民署及地方政府菸酒管理單位，持高雄地方法院核發搜索票，由專案小組人員與艦隊分署高雄海巡隊巡防艇，於台南市安平外海登檢該艘貨輪，查獲大量私菸，如環球、馬甲等6種品牌。
嘉義查緝隊指出，此案在高雄港清點，查獲私菸數量為高雄港百年開港以來第二多，以每包菸稅51.8元計算，若走私成功，估計國庫將減少2.5億餘元稅收。
海巡署呼籲，來路不明或廉價私菸有可能參雜不明化學物質吸入恐將傷身，民眾發現走私不法行為，可電海巡「118」免付費報案專線通報。